Sau khi bị mất ngôi, Hồng Bảo vô cùng phẫn uất, và hai lần tiến hành mưu phản để đoạt ngôi vào các năm 1851 và 1854, song đều bị thất bại, cuối cùng bị bỏ ngục và chết một cách bí ẩn trong tù. Các con của ông đều bị xóa tên trong sổ tông thất, đổi sang họ mẹ là Đinh[9].

Năm 1866, quân Chày Vôi do Đoàn Hữu Trưng đứng đầu chống lại triều đình Tự Đức để đưa Đinh Đạo (tức Ưng Đạo, con trai Hồng Bảo) lên ngai vàng. Sự việc thất bại, cả gia đình Hồng Bảo bị giết chết[10].

Sử gia Phạm Văn Sơn trong quyển Việt sử tân biên dẫn lời các nhà truyền giáo Tây phương cho rằng người đứng đằng sau tất cả mọi việc là ông Cố mệnh lương thần Trương Đăng Quế. Ông Quế là người chủ mưu thay ngôi kế tự và đẩy Hồng Bảo vào đường cùng đến mức phải tạo phản để mà có cớ thủ tiêu[11].